“长江上游鱼类资源保护与利用”省重点实验室旨在研究和保护长江上游鱼类资源及多样性价值，探讨和建立长江上游鱼类资源的生态补偿机制，重点研究长江上游鱼类种质资源及利用相关的重大理论和应用科学问题，实现长江上游鱼类资源的可持续利用。主要研究方向如下：

1.鱼类生物多样性研究：针对人类活动影响下的渔业资源变化及长江上游水域生态系统退化等问题，开展长上游鱼类遗传多样性和地理分化研究，弄清其地理分布及种质资源状况；开展长江上游特有珍稀鱼类和重要经济鱼类资源调查和监测工作，了解渔业资源变动规律；开展水生生态修复技术研究，建立长江上游水生生物多样性信息平台。

2.鱼类资源利用研究：针对“川鱼”战略发展中优良品种缺失问题，以长江上游特有鱼类和重要经济鱼类、名特养殖鱼类为对象，开展其繁殖生物学、与繁殖有关的机能形态学和受精生物学等基础生物学及移养驯化、引种驯化、人工繁殖、苗种和亲鱼培育等关键技术和产业化示范研究，创建适宜长江上游地区的生态养殖模式。

3.鱼类营养与绿色饲料研究：针对“川鱼”产业科技含量不高及名优鱼类病害与食品安全等问题，开展长江上特有和重要经济鱼类、名特养殖鱼类不同生长阶段的营养需求、营养代谢规律研究，揭示其营养代谢调控和品质性状形成的分子机理。开展可控化养殖的理论研究与技术开发，掌握安全优质饲料生产的产业化关键技术。